Στην ψηφοφορία που ακολούθησε δεν εγκρίθηκε η πρόταση του Αλέξη Τσίπρα, αλλά πρόκρινε την πρόταση που συμπεριλάμβανε στην ποσόστωση και τους βουλευτές. Αυτό προκάλεσε την παρέμβαση του πρωθυπουργού προκαλώντας στιγμιαία  ένταση και αντιδράσεις από τους Συνέδρους και τους βουλευτές.

Ο Αλέξης Τσίπρας ζήτησε λόγω της σοβαρότητας του ζητήματος να υπάρξει νέα συζήτηση και να τεθεί η πρόταση σε νέα ψηφοφορία. Τόνισε στους συνέδρους πως «δεν ξέρω αν έχετε καταλάβει τι ψηφίσατε, αλλά είστε ενάντια στην εισήγησή μου», ζήτησε να γίνει η οργανωμένη συζήτηση που προβλέπεται (με δύο εισηγητές από κάθε πλευρά), ενώ επισημάνθηκε πως το συνέδριο δεν μπορεί να αλλάξει το Καταστατικό του κόμματος αφού είναι τακτικό και όχι καταστατικό συνέδριο.

Τελικά πραγματοποιήθηκε και δεύτερη ψηφοφορία , λίγο μετά τα μεσάνυχτα και η πρόταση του προέδρου του ΣΥΡΙΖΑ, έγινε τελικώς δεκτή.

Το συνέδριο επίσης ενέκρινε την πρόταση της πλειοψηφίας να μειωθούν τα μέλη της σε 151 ( από 201).

Τη σύσταση Επιτροπών Δεοντολογίας και Διαφάνειας και την κατάρτιση Κώδικα Δεοντολογίας για τις εμφανίσεις κομματικών στελεχών στα ΜΜΕ αποφάσισε το 2ο συνέδριο του ΣΥΡΙΖΑ.

Αποφάσισε, επίσης, την επέκταση της ποσόστωσης φύλων σε όλα τα όργανα του ΣΥΡΙΖΑ και να μην έχουν δικαίωμα να θέσουν υποψηφιότητα για τη νέα Κεντρική Επιτροπή όσοι δεν έχουν τακτοποιήσει πλήρως τα οικονομικά τους προς το κόμμα.